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Phd thesis
Automatisierte Erfassung, Analyse und Dokumentation zur Entscheidungsunterstützung in einem Molekularen Tumor Board (MTB)
Promotion für das Projekt „Automatisierte Erfassung, Analyse und Dokumentation zur Entscheidungsunterstützung in einem Molekularen Tumor Board (MTB)“. Die Promotion ist mit einem Promotionsstipendium verbunden.
Zusammenfassung:
Die Promotionsarbeit hat zum Ziel, das begonnene Kooperationsprojekt der beiden Konsortien MIRACUM und HiGHmed zum Thema „MTB“ im Rahmen der BMBF-Initiative Medizininformatik zu unterstützen.
Die MTB-Plattform wird in Zusammenarbeit mit der AG von Prof. Busch qualitätsgesicherte OMICSDaten mit einer Reihe von klinischen Eckdaten kombinieren und für den Benutzer zusammenhängend darstellen. Es beinhaltet ein standardisiertes Tool-Paket zur Unterstützung von Ärzten bei der Visualisierung, Integration und Interpretation von High Throughput Sequencing (HTS)-Daten und der effektiven Erstellung hochwertiger Präsentationen dieser komplexen multidimensionalen Daten. Ziel der so unterstützten MTBs ist es, die gewonnenen Tumorsequenzierungsdaten im Zusammenhang mit klinisch-pathologischen Daten zu interpretieren und auf dieser Basis Empfehlungen für eine personalisierte Behandlung von Krebspatienten abzugeben.
Der/die Stipendiat/in soll basierend auf der bisher verfügbaren Patientengruppe die oben genannten Schritte von der Verfügbarmachung klinischer und molekularer Daten, ihrer klinischen Aufbereitung und Dokumentation, der Ableitung von Entscheidungsunterstützungen inkl. geeigneter interaktiver Visualisierungen aus Anwendersicht unterstützen. Ein IST/SOLL-Vergleich der Prozesse sowie IT-Unterstützungsdienste hinsichtlich Dokumentation und Entscheidungsunterstützung soll durchgeführt werden.
Master thesis
Topics for a master thesis
Generation and Analysis of SingleCell-RNA Data from CoVID Exposed PBMC’s
SARS-CoV-2 as a virus is still a big factor in our daily life. Besides obvious infections of the respiratory system, there are several other effects on health, from severe infections caused by cytokine storms to long-lasting problems after infection. Peripheral blood mononuclear cells 'PBMC' are a promising object for scientific questions regarding immune responses.
Single Cell Transcriptome Analysis of Nasal Epithelial Cells
Human nasal epithelium is grade by the recent events surrounding CoVID-19. Specifically, the nasal tissue is generally considered to be one of the entry points for the SARS-CoV-2. The effects of the virus on these cell types is not completely illuminated. With single cell RNA sequencing, it is possible to study the transcriptome of these tissues while maintaining heterogeneity within and effects on the different cell types.
Constructing Single Cell Immunerepertoire Analysis Pipeline
The specificity of B and T cells towards antigens is determined by the receptor-forming protein complexes. To reflect the subgroups in the protein complex and their expression in its entirety, single-cell analyses must be applied.